まずは配布ファイルが正しく配置されていることをご確認ください。
実行ファイル、ライブラリファイル、スクリプトファイルのプロパティに「ブロックの解除」が表示されていないか確認して、表示されていたら解除してください。
javrenameを起動して、右下の「プラグイン」をクリックしてください。
サイト名の一覧が表示されて、チェックが入っていれば正常です。
表示されない場合はプラグインがそもそも読み込まれていないので、配布ファイルの配置を見直してください。

〔ツリー構成〕

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